장기보유특별공제율, 보유·거주 연수로 몇 %일까

집이나 땅을 오래 갖고 있다가 팔면 양도차익의 일정 비율을 빼 주는 것이 장기보유특별공제입니다. 그런데 “오래”가 몇 년부터인지, 1년에 몇 %씩 오르는지, 집이 한 채인 사람과 두 채인 사람이 왜 다른지, 산 기간과 실제로 살았던 기간을 왜 따로 묻는지에서 헷갈립니다. 소득세법 제95조제2항은 이 비율을 표 두 개로 정해 두었습니다. 조문 그대로 정리하고 계산기로 확인해 보겠습니다.

핵심: 공제는 보유 3년부터 시작합니다. 일반 자산은 꽉 찬 보유 연수에 2%를 곱해 15년 이상이면 30%가 상한이고(표 1), 1세대 1주택은 보유 연수와 거주 연수에 각각 4%를 곱해 더하되 각 40%, 합계 80%가 상한입니다(표 2). 다만 1주택이라도 거주 2년을 못 채우면 표 1로 돌아가고, 미등기 양도와 조정대상지역 다주택 중과 대상은 공제가 아예 없습니다.

표 1: 일반 자산은 1년에 2%, 15년에 30%

제95조제2항 본문은 토지·건물과 원조합원의 조합원입주권 가운데 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 표 1의 공제율을 곱하도록 합니다.

표를 한 줄로 줄이면 꽉 찬 보유 연수 × 2%, 최대 30%입니다. 보유 3년 11개월은 “3년 이상 4년 미만”이라 6%이고, 4년을 하루라도 채워야 8%가 됩니다. 양도차익 2억원에 보유 10년이면 공제액은 2억원 × 20% = 4,000만원이고, 양도소득금액은 1억 6,000만원으로 줄어듭니다.

이 표는 상가, 토지, 다주택자가 파는 주택, 1주택이지만 거주 요건을 못 채운 주택에 모두 적용됩니다. “집 한 채인데 왜 표 1이냐”는 질문의 답은 다음 절에 있습니다.

표 2: 1세대 1주택은 보유와 거주를 각각 4%씩 더한다

같은 항 단서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 대해 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합산하도록 합니다.

역시 한 줄로 줄이면 보유 연수 × 4%(최대 40%) + 거주 연수 × 4%(최대 40%)입니다. 보유 12년에 거주 4년 6개월이면 보유분은 상한 40%, 거주분은 꽉 찬 4년의 16%로 합계 56%입니다. 보유와 거주를 모두 10년 채우면 80%가 되어 양도차익의 5분의 1에만 세금이 붙습니다.

여기서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이 핵심입니다. 시행령 제159조의4는 이를 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것으로 정합니다. 일시적 2주택처럼 법이 1주택으로 보는 특례 주택도 포함됩니다. 반대로 집은 한 채인데 세를 놓기만 하고 한 번도 살지 않았다면, 또는 살았어도 2년이 안 된다면 표 2가 아니라 표 1입니다. 보유 12년에 거주 1년 6개월이면 56%가 아니라 24%가 되니 차이가 큽니다.

거주기간은 시행령 제154조제6항에 따라 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 셉니다. 여러 번 나눠 살았다면 합산하고, 공동상속주택은 가장 오래 거주한 공동상속인의 기간으로 봅니다(제159조의4 후단).

공제가 아예 없는 세 경우

제95조제2항의 괄호가 두 종류의 자산을 처음부터 빼 놓았고, 본문이 3년 문턱을 둡니다.

1. 보유 3년 미만. 표 1은 3년부터 시작하고, 표 2의 거주 2년 구간도 “보유기간 3년 이상에 한정함”이라고 적혀 있습니다. 2년 11개월은 0%입니다.
2. 미등기양도자산(제104조제3항). 취득 등기를 하지 않은 채 파는 자산은 공제가 없고 세율도 70%입니다(제104조제1항제10호).
3. 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택(제104조제7항 각 호). 조정대상지역에 있는 주택을 1세대 2주택, 3주택 이상, 또는 주택과 입주권·분양권을 합쳐 2개 이상인 상태에서 팔면 기본세율에 20%p(3주택 이상은 30%p)가 더해지는 중과 대상이 되고, 장기보유특별공제도 받지 못합니다.

세 번째가 최근 몇 년 사이 가장 많이 바뀐 부분입니다. 시행령 제167조의3과 제167조의10의 제1항제12호의2는 보유 2년 이상인 주택을 2026년 5월 9일까지 양도하면 중과 대상에서 빼 주는 유예를 두었는데, 이 날짜가 지났습니다. 남아 있는 것은 경과 규정뿐입니다. 5월 9일까지 토지거래허가를 신청하고 계약금을 받은 주택은 계약일부터 4개월(서울 성동구·마포구 등 표에 적힌 지역은 6개월) 안에 양도해야 하고, 5월 10일 이후 계약분은 2026년 9월 9일(표 지역은 11월 9일)까지 양도해야 합니다. 허가 대상이 아닌 주택은 5월 9일까지 계약·계약금 수령 후 4개월(표 지역 6개월) 안에 양도한 경우만 유예가 적용됩니다. 이 글의 기준일 현재 조정대상지역 다주택자가 새로 계약해서 파는 주택은 원칙적으로 공제가 없습니다.

다만 주택 수를 셀 때 빠지는 주택이 여럿 있습니다. 수도권·광역시·특별자치시 밖의 기준시가 3억원 이하 주택, 일정 요건의 소형 신축주택과 준공 후 미분양주택, 인구감소지역 주택, 등록 장기임대주택 등은 제167조의3제1항 각 호에 따라 주택 수에서 제외되거나 중과 대상에서 빠집니다. 항목이 많아 이 글의 계산기는 “중과 대상인지”를 입력으로 받습니다. 판단 순서는 ① 파는 주택이 조정대상지역에 있는가 ② 세대가 가진 주택(입주권·분양권 포함)이 2개 이상인가 ③ 제외 사유에 해당하는가입니다. 하나라도 아니오면 중과 대상이 아닙니다.

계산기, 내 보유·거주 연수로

자산 종류를 고르고 보유기간을 넣으세요. 4년 6개월이면 4.5로 넣으면 되고, 공제율은 꽉 찬 연수로만 오릅니다. 1세대 1주택을 고르면 거주기간 칸이 열립니다. 거주가 보유보다 길게 입력되면 판정 대신 무엇이 어긋났는지 알려주고, 미등기 양도나 조정대상지역 다주택 중과 대상을 고르면 공제 없음으로 판정합니다.

12억 넘는 1주택은 공제율이 같아도 공제액이 줄어든다

1세대 1주택은 양도가액 12억원까지 비과세이므로 표 2가 실제로 쓰이는 곳은 12억원을 넘는 고가주택입니다. 이때 세금은 양도차익 전체가 아니라 12억원 초과 비율만큼에만 붙고, 공제액도 같은 비율로 줄어듭니다. 시행령 제160조제1항의 산식은 다음과 같습니다.

과세 대상 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액
장기보유특별공제액 = 전체 양도차익 × 공제율 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액

양도가액 20억원, 양도차익 8억원, 보유 10년·거주 10년(80%)이라면 과세 대상 양도차익은 8억원 × 8억 ÷ 20억 = 3억 2,000만원, 공제액은 3억 2,000만원 × 80% = 2억 5,600만원, 양도소득금액은 6,400만원입니다. 공제율 80%는 그대로이고 곱하는 대상이 초과분으로 좁혀지는 구조입니다. 이 안분은 계산기 범위 밖이라 산식으로만 적어 둡니다.

근거와 기준일

근거는 「소득세법」 제95조(장기보유특별공제 표 1·표 2, 보유기간 기산), 「소득세법」 제104조(미등기양도자산, 조정대상지역 다주택 중과), 「소득세법 시행령」 제159조의4(1세대 1주택과 거주 2년 요건), 「소득세법 시행령」 제154조(거주기간의 계산), 「소득세법 시행령」 제160조(고가주택 안분), 「소득세법 시행령」 제167조의3과 제167조의10(중과 대상 주택의 범위와 유예 경과 규정)입니다. 링크는 국가법령정보센터의 현행 조문으로 연결됩니다.

제95조제2항 본문이 표 1, 단서가 표 2를 정하고, 같은 항 괄호가 미등기양도자산과 제104조제7항 각 호의 자산을 공제 대상에서 제외합니다. 제95조제4항이 보유기간을 취득일부터 양도일까지로 정합니다.

세금 시리즈로 종합부동산세 판정이 같은 12억원 경계를 보유세 쪽에서 다루고, 재산세 계산이 보유 중의 세금입니다.

기준일: 2026년 8월 25일 현재 시행 중인 소득세법(법률 제21221호, 2026년 7월 1일 시행)과 같은 법 시행령(대통령령 제36343호, 2026년 7월 1일 시행) 기준입니다. 소득세법은 2027년 1월 1일 시행 예정 개정이 있고, 조정대상지역 다주택 중과 유예는 시행령 개정으로 연장된 전례가 있으므로 양도 시점에 제167조의3제1항제12호의2의 날짜를 다시 확인해야 합니다.

예외와 주의

1. 보유 3년 미만은 어느 표도 적용되지 않습니다. 표 2의 거주 2년 구간도 보유 3년 이상이 전제입니다.
2. 1세대 1주택 표 2는 보유기간 중 거주 2년 이상이 요건입니다. 세만 놓았거나 거주가 2년에 못 미치면 1주택이라도 표 1(연 2%)입니다.
3. 거주기간은 주민등록 전입일부터 전출일까지로 계산하며, 보유기간을 넘을 수 없습니다. 실제 거주와 주민등록이 다른 경우의 입증은 이 글의 범위 밖입니다.
4. 미등기양도자산은 공제가 없고 세율 70%가 적용됩니다.
5. 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택은 공제가 없습니다. 일반 유예는 2026년 5월 9일 양도분으로 끝났고, 그 전에 계약·허가 신청한 경과 규정만 2026년 9월 9일(일부 지역 11월 9일)까지 남아 있습니다.
6. 양도가액 12억원 초과 1세대 1주택은 공제율은 같되 공제액이 초과 비율로 안분됩니다(시행령 제160조제1항).
7. 배우자나 직계존비속에게서 증여받아 이월과세가 적용되는 자산은 증여자가 취득한 날부터, 가업상속공제가 적용된 비율의 자산은 피상속인이 취득한 날부터 보유기간을 셉니다(제95조제4항).
8. 주택이 아닌 건물을 주거용으로 바꿔 1세대 1주택이 된 경우는 비주택 기간에 표 1, 주택 기간에 표 2를 각각 적용해 합산하되 보유분 상한이 40%입니다(제95조제5항·제6항). 계산기는 이 경우를 다루지 않습니다.
9. 조합원에게서 승계취득한 조합원입주권, 분양권, 주식은 장기보유특별공제 대상이 아닙니다. 원조합원의 입주권은 관리처분계획 인가 전 토지·건물분 양도차익에만 적용됩니다.

자주 묻는 질문

Q. 아파트 한 채를 12년 보유하고 4년 반 살다가 팝니다. 공제율이 몇 %인가요?
1세대 1주택이고 거주 2년을 넘었으니 표 2입니다. 보유분은 10년 이상이라 상한 40%, 거주분은 꽉 찬 4년의 16%로 합계 56%입니다. 양도가액이 12억원 이하면 비과세라 공제율이 쓰일 일이 없고, 넘으면 초과 비율만큼 안분된 양도차익에 56%를 곱합니다.

Q. 집은 한 채인데 계속 세를 놓았고 저는 전세로 삽니다. 80%까지 받나요?
아닙니다. 표 2는 보유기간 중 거주 2년 이상이 요건입니다(시행령 제159조의4). 한 번도 살지 않았다면 표 1이 적용되어 보유 10년이면 20%, 15년 이상이면 30%입니다.

Q. 보유 3년 11개월인데 지금 팔면 몇 %인가요?
“3년 이상 4년 미만” 구간이라 일반 자산은 6%, 1세대 1주택(거주 2년 이상)은 보유분 12%입니다. 한 달을 더 채워 4년이 되면 각각 8%, 16%로 오릅니다. 보유기간은 취득일부터 양도일까지로 셉니다(제95조제4항).

Q. 조정대상지역에 두 채가 있고 그중 한 채를 팝니다. 공제가 되나요?
제104조제7항의 1세대 2주택에 해당하면 중과 대상이고 장기보유특별공제도 없습니다. 2026년 5월 9일까지의 유예는 끝났고, 그 전에 계약하고 계약금을 받은 경우만 경과 규정에 따라 9월 9일(일부 지역 11월 9일)까지 양도하면 유예가 적용됩니다. 다른 한 채가 지방의 기준시가 3억원 이하 주택이거나 등록 장기임대주택처럼 주택 수에서 빠지는 경우라면 중과 대상이 아닐 수 있습니다.

Q. 상가를 20년 보유했습니다. 40%인가요?
상가는 표 1이라 15년 이상은 30%로 고정입니다. 40%와 80%는 1세대 1주택 표 2에만 있는 숫자입니다.

Q. 거주는 했는데 주민등록을 옮기지 않았습니다.
거주기간은 시행령 제154조제6항에 따라 주민등록 전입일부터 전출일까지로 계산하는 것이 원칙입니다. 실제 거주를 다른 자료로 입증하는 문제는 사실관계 판단이라 이 글에서 다루지 않습니다.

함께 보면 좋은 글

• 종합부동산세 판정 — 같은 12억원 경계를 보유세에서 다룹니다.
• 재산세 계산 — 보유하는 동안 매년 내는 세금입니다.
• 상속세 공제 판정 — 집을 물려받는 단계의 세금입니다.

면책

본 페이지와 계산기는 일반적인 이해를 돕기 위한 참고용이며, 실제 양도소득세액과 공제 적용 여부를 보장하지 않습니다. 1세대 1주택 해당 여부, 조정대상지역과 주택 수 판단, 거주기간의 입증, 고가주택 안분과 세율은 사실관계에 따라 달라지므로 정확한 판단은 국세청과 세무 전문가를 통해 확인하시기 바랍니다.